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Aconteceu hoje a defesa de mestrado do aluno WYDEMBERG JOSÉ DE ARAÚJO, pelo programa de pós-graduação em Bioquímica da UFRN, sob orientação da Dra. Lucymara Fassarella Agnez Lima. Confira abaixo o trabalho defendido:

Banca Instituição Tipo
LUCYMARA FASSARELLA AGNEZ (ORIENTADOR) UFRN Presidente
JORGE ESTEFANO SANTANA DE SOUZA UFRN Externo ao Programa
VÂNIA MARIA MACIEL MELO UFC Externo à Instituição
 Título
CARACTERIZAÇÃO DA COMUNIDADE MICROBIANA DE RESERVATÓRIO DE PETRÓLEO
Resumo
Os processos bioquímicos de origem microbiológica presentes nos reservatórios de petróleo exercem grande impacto na extração, estocagem e refino do petróleo. No entanto o conhecimento a respeito desse metabolismo e diversidade microbiológica é escasso devido as técnicas de cultivo e identificação microbiológicas. Desse modo, a metagenômica é uma inovadora ferramenta para estudar, independentemente de cultivo, as comunidades microbiológicas existentes em ambientes extremos como reservatório de petróleo. Essa metodologia ainda permite extrair novas genes e organismos com aplicações biotecnológicas nos processos e impactos decorrentes das comunidades microbiológicas exercem sobre a qualidade do petróleo. O presente estudo teve como objetivo identificar, tanto taxonomicamente quanto funcionalmente, os microrganismos residentes nas comunidades bacterianas de poços de petróleo, envolvidas na degradação de petróleo e produção de moléculas surfactantes. Para tanto, amostras de água de produção e rochas de reservatório foram submetidas a extração de DNA bem como preparação de consórcios bacterianos submetidos a uma seleção de organismos degradadores de petróleo e produtores de surfactantes. Posteriormente todas as amostras foram sequenciadas por meio de plataforma de sequenciamento de segunda geração. Os resultados de bioinformática mostraram que comunidades residentes nas rochas e água de produção eram predominantemente pertencentes aos gêneros Halomonas e Marinobacter, respectivamente. Os resultados da seleção dos consórcios mostraram a predominância de gêneros degradadores e produtores de biosurfactantes MicrobacteriumOchrobactrum, Devosia e Paenibacillus no consórcio microbiano R2, enquanto os gêneros Sphingobacterium, Bacillus e Lysinibacillus predominaram no consórcio R1. Os testes funcionais mostraram que tais consórcios são produtores de biossurfactantes capazes de estabilizar uma emulsão bem como reduzir a tensão interfacial entre petróleo e água. Utilizando comparações por homologia com banco dados de proteínas customizado foi possível identificar que as moléculas surfactantes eram sintetizadas pelos operons Lichenysin, Plipastatin e Pultisolvin. Esses dados reforçam os testes de degradação por meio do indicador redox, mostrando que houve predominância das vias de degradação de alcanos lineares, bem como de policicloaromáticos. Portanto, os resultados indicam que consórcios isolados de reservatório são capazes de aumentar a fluidez do óleo ao degradá-lo bem como ao produzir moléculas surfactantes, desse modo possuem um importante potencial de aplicação biotecnológica.

O NUGEN firma colaboração com a HeartGenetics, Genética e Biotecnologia AS, empresa portuguesa de biotecnologia, especializada no desenvolvimento de testes genéticos e ferramentas computacionais para apoiar o diagnóstico clínico e a prevenção de doenças. A partir desta colaboração o NUGEN passa a oferecer o serviço de genotipagem através do teste genético MyNutriGenes, o qual permite avaliar 54 genes (num total de 80 variantes genéticas), que de uma forma determinante, estão associados à nutrição e controle de peso. Visando apresentar o teste aos profissionais da saúde como médicos, nutrólogos e nutricionistas, estaremos realizando a palestra MyNutriGenes dia 31 de março de 2017, às 9 h no anfiteatro do Museu de Ciências Morfológicas da UFRN.

mynutrigenes

Convidamos a todos a participar do RENORBIO 2017 – Encontro de Biotecnologia do Nordeste, que ocorrerá no período de 8 a 11 de agosto no Praiamar Natal Hotel & Convention, Natal, RN. O evento terá a participação de mais de 30 palestrantes de todo o Brasil e tem como objetivos promover um fórum de discussão científica, agregando instituições e pesquisadores da região NE e de outras regiões do Brasil, e criar um ambiente para interação entre os setores produtivos e a academia. Neste evento, serão discutidos avanços alcançados em temas estratégicos, relativos a biotecnologia em saúde, agropecuária, recursos naturais e indústria. O evento tem como público alvo pesquisadores, estudantes e profissionais da área de Biotecnologia e áreas afins de todo o Brasil. Dentre as atividades previstas estão: Biomaker Battle, uma competição científica em empreendedorismo e startups, promovido pela Biominas, minicursos, conferências, simpósios, apresentação de trabalhos científicos e patentes em biotecnologia (feira de negócios) na forma de pôster. As inscrições estarão abertas a partir do dia 05 de abril. Para informações e inscrição visite o site http://www.renorbio.or/congresso/renorbio2017

conviteRenorbio2017

Visite: www.renorbio.org/congresso/renorbio2017

        Foi realizada no último dia 9 a defesa da tese intitulada “Inibição da função redox de APE1/REF-1 e sua influência no mecanismo de reparo de DNA e regulação transcricional em um modelo de estimulação inflamatória”, apresentada pela doutoranda Fabrícia Lima Fontes como parte dos requisitos para obtenção do título de doutora em Ciências da Saúde (CCS-UFRN). Fizeram para da banca os doutores Andre Ducati Luchessi (DAC-UFRN), Riva de Paula Oliveira (DBG-UFRN), Carlos Renato Machado (UFMG), Jenifer Saffi (UFCSPA) e Lucymara Fassarella Agnez Lima (DBG-UFRN, orientadora). Parabéns e sucesso Fabricia!!!

 

     Hoje dia 12 de dezembro, ocorreu a defesa da tese intitulada “Identificação e caracterização molecular de mutações germinativas em indivíduos com síndrome de câncer de mama e ovário hereditário”, apresentada pela doutoranda Ana Rafaela de Souza Timoteo, pelo programa de Bioquímica da UFRN. Fizeram parte da banca os doutores Daniella Regina Arantes Martins Salha (DBG-UFRN), Viviane Souza do Amaral (DBG-UFRN), Danielle Queiroz Calcagno (UFPA), Edilmar De Moura Santos (LNRCC) e Tirzah Braz Petta Lajus (DBG-UFRN, orientadora). Parabéns e sucesso a Ana Rafaela também!!!

Nos dias 9 e 12 de dezembro teremos mais duas defesas de tese do LBMG, confira abaixo os trabalhos que serão defendidos. Estão todos convidados!!!

Discente: Fabrícia Lima Fontes

Orientadora: Dra. Lucymara F. Agnez Lima

Data: 09/12/2016
Hora: 14:00
Local: sala SS1 do Departamento de Biologia Celular e Genética, CB
Título: Inibição da função redox de ape1/ref-1 e sua influência no mecanismo de reparo de DNA e regulação transcricional em um modelo de estimulação inflamatória

RESUMO: A endonuclease apurínica/apirimidínica 1 (APE1/REF-1) humana é uma enzima multifuncional que possui atividade de reparo de DNA e regulação transcricional, atuando como proteína reguladora de várias vias importantes para a homeostase e sobrevivência da célula. No entanto, o conhecimento sobre que mecanismos seriam dependentes de sua função de reparo de DNA ou regulação redox ainda é limitado, visto que a maior parte do conhecimento deriva de experimentos com silenciamento do gene de APEX1, nos quais ambas atividades d APE1 são afetadas. Este trabalho teve como objetivo caracterizar os efeitos da inibição da função redox de APE1/REF-1 em um modelo de inflamação. Inicialmente foi realizada uma revisão de literatura a respeito do envolvimento de enzimas de reparo de DNA em processos relacionado a resposta imune. Como modelo experimental células U937 foram estimuladas com 1 µg/ml de LPS e submetidas a dois diferentes tratamentos com 100 µM de E3330, um inibidor seletivo da função redox de APE1/REF-1. Foi realizada uma cinética de estimulação com um pré-tratamento de 1 hora com LPS e subsequente tratamento com E3330 por 2, 4, 6, 24 e 48 horas. No segundo modelo as células foram estimuladas com LPS por 24 horas e em seguida foi adicionado o E3330 por mais 4 horas. Após os tratamentos foram realizados ensaios de viabilidade celular, expressão de moduladores inflamatórios, avaliação da apoptose, produção de peróxido de hidrogênio e potencial de membrana. Foi realizado também uma análise de transcriptoma utilizando a plataforma 454 GS-FLX Titanium seguida de sua caracterização e categorização a partir de ferramentas de bioinformática. Para a validação da expressão diferencial e dos modelos propostos foi realizado experimentos de qPCR, western blotting, ensaio de degradação do rRNA, ensaio de incisão do sítio AP utilizando oligos marcados. E por fim foi utilizada a ferramenta iRegulon para localizar os sítios putativos de ligação à fatores de transcrição nos genes alvo identificados. Os nossos resultados mostram que após 24 horas de estimulação de células U937 com LPS e tratamento subsequente com E3330 durante mais quatro horas não afeta significativamente a viabilidade das células e a razão de apoptose. No entanto, no modelo de cinética inflamatória, foi possível observar uma redução das células viáveis como consequência do tratamento após 48 horas. Verificou-se também uma diminuição significativa de moduladores inflamatórios em presença de E3330. A partir do transcriptoma foram geradas duas listas com 619 genes regulados negativamente e 629 genes regulados positivamente, considerando fold change  ≤3 ou ≥3 respectivamente. Em relação a biologia de sistemas foi possível observar que as categorias funcionais mais enriquecidas na rede regulada negativamente estão relacionadas com expressão gênica, resposta imune, tradução, processamento de rRNA e biogênese ribossomal. Já na rede regulada positivamente foi observado um enriquecimento para transdução de sinal, resposta ao estresse, modificação da cromatina, resposta ao dano de DNA e regulação positiva da apoptose. Na quantificação de níveis proteicos foi possível observar uma diminuição estatisticamente significante após o tratamento com E3330 para c-MYC, NF-κB(p65), e um aumento da MDM2 de 60 kDa. Não houve diferença significativa entre os níveis de ERO e potencial de membrana mitocondrial. No ensaio de integridade de rRNA foi observado uma diminuição da razão 28S/18S nas amostras tratadas com E3330 em torno de 12% e 20% em relação ao controle e LPS respectivamente. Todos esses achados associados a inibição seletiva da função redox de APE1/REF-1, visto que no ensaio de incisão de sítio AP, a concentração de E3330 utilizada não foi capaz de inibir a função de reparo de DNA da proteína. De uma forma geral, para os genes da lista regulada negativamente, os FTs identificados com a ferramenta iRegulon são modulados por regulação redox, e a inibição com E3330 da APE1/REF-1 pode estar alterando a função dos mesmos e por isso diminuindo a expressão dos genes em questão. Já em relação a analise de regulação transicional dos principais clusters da rede regulada positivamente podemos perceber que poucos FTs são comuns entre eles e faz-se necessário um estudo mais aprofundado desses alvos. Nesta tese foi possível determinar eventos são regulados pela função redox de APE1/REF-1. Assim, nesse trabalho é proposto que o bloqueio seletivo da atividade redox de APE1/REF-1 por E3330 leva a uma redução da resposta inflamatória, bem como uma diminuição nos mecanismos que promovem a biogênese ribossomal e processamento do rRNA sem alterar a sua função de reparo do DNA.

 

Discente: Ana Rafaela de Souza Timoteo

Orientadora: Dra. Tirzah Braz Petta Lajus

Data: 12/12/2016
Hora: 14:00
Local: Anfiteatro das Aves – Centro de Biociências

Título: Identificação e caracterização molecular de mutações germinativas em indivíduos com síndrome de câncer de mama e ovário hereditário

RESUMO: A síndrome de câncer de mama e ovário hereditário corresponde a 10-15% de todos os casos diagnosticados de câncer de mama no mundo. A maioria das mutações germinativas são identificadas nos genes BRCA1 e BRCA2, contudo, a aplicação de painéis multigênicos tem aumentado o número de variantes patogênicas detectadas em outros genes supressores de tumor. De acordo com a versão atual do protocolo americano NCCN (National Comprehensive Cancer Network), as mutações em BRCA1 e BRCA2, TP53 e PTEN conferem alto risco de desenvolver câncer de mama, e mutações em CDH1, CHEK2, PALB2, ATM e BRIP podem aumentar em 20% o risco para o desenvolvimento desta doença. Neste estudo foram analisados 157 indivíduos com histórico pessoal e/ou familiar de câncer de mama. O DNA genômico foi isolado a partir de sangue periférico por meio de extração à base de solução salina e as amostras foram analisadas usando o sequenciamento de nova geração (NGS). Foram identificadas 15 variantes patogênicas e 4 VUS (Variants of Uncertain Significance) em 27 indivíduos (27/157; 17%), dos quais três são assintomáticos. Foram identificadas sete novas variantes em 4 genes: BRCA1_c.3409A>G; BRCA2_g.26826_30318del, BRCA2_c.5800C>T; BRCA2_c.5228G>A; BRCA2_c.5305delG; ATM_c.634delT e ATR_c.3043C>T. Sessenta e oito por cento (13/19; 68%) de variantes foi detectada nos genes BRCA1 e BRCA2, enquanto 32% (6/19) foram identificados nos genes de risco moderado ATM (2/19); ATR (1/19); CDH1 (1/19); MLH1 (1/19) e MSH6 (1/19). Os indivíduos foram separados em dois grupos para a análise comparativa: portadores de mutação nos genes de alto risco e nos genes de risco moderado. Entre os três indivíduos assintomáticos, duas variantes estão presentes nos genes de risco moderado ATM e MLH1. Entre os indivíduos com câncer de mama, dezoito pacientes (18/24; 75%) apresentaram mutações em genes de alto risco, enquanto seis (6/24; 25%) são portadores de mutações em genes de risco moderado. Ambos os grupos apresentaram alta incidência de câncer de mama precocemente (83% dos indivíduos). O grupo de portadores de mutação nos genes de alto risco apresentaram maior ocorrência de tumores de alto grau (83% vs 67%, P = 0,0090). No grupo de indivíduos com mutações em genes de risco moderado, os tumores apresentaram um fenótipo mais agressivo com câncer bilateral (33% versus 11%, P = 0,0002), ocorrência de metástases (33% vs 5.6%, P <0,0001) e óbito (33% vs 5.6%, P <0,0001). Ao todo, 1/3 de variantes foram identificadas em genes de risco moderado em pacientes com câncer mais agressivo. Estes resultados reforçam a importância da aplicação de análise multigênica em indivíduos em situação de risco para câncer de mama, especialmente em uma população heterogênea como brasileira.

 

        Entre os dias 29 de novembro e 02 de dezembro de 2016, foi realizado em Recife o XXI Encontro de Genética. Evento bianual que reúne pesquisadores e estudantes de Genética de toda região NE. O LBMG participou com as palestras  apresentadas pelas professoras Lucymara F. Agnez Lima, Silvia Regina B. de Medeiros e Viviane S Amaral, além de painéis e comunicações orais de estudantes. Parabéns a equipe da UFPE pela organização de um excelente encontro! O próximo encontro será em 2018, em Natal!